Tønder Kommune har mange skønne naturværdier. De er til gavn for både dyr, borgere og turismen i kommunen. Blandt vores vigtigste naturværdier kan nævnes:
Vadehavet
Vadehavet er Danmarks største Natura 2000-område og strækker sig over 4 kommuner. Vadehavet er mest kendt for sin betydning som leve- og rasteområde for en lang række gæs, ænder, terner og vadefugle. Området rummer også meget store arealer med strandeng og strandrørsump, og på Rømø findes et spændende dynamisk klit-landskab med mange forskellige klitnaturtyper. Her findes også kommunens eneste forekomster af den truede naturtype rigkær.
Højmoser
En af de meget sjældne naturtyper i Europa er højmoserne. I Tønder Kommune har der tidligere været mange store højmoser, og selvom der er gennem de seneste 100-200 år er sket en afvanding og opdyrkning af højmoserne, findes der stadig værdifuld højmosenatur i kommunen. Der findes højmoser i 4 Natura 2000 områder; Draved Mose, Hønning Mose, Sølsted Mose og Kogsbøl/Skast Mose.
Fugle
Vadehavets store fugleflokke er noget, der kendetegner marsken og Vadehavet i kommunens vestlige del. Længere inde i landet er det skovenes, engenes og mosernes fuglearter, der er omfattet af Natura 2000 områdernes udpegningsgrundlag.
Højmoserne er vigtige levesteder for en række fuglearter som sortterne, rørhøg, tinksmed, mosehornugle og trane. Arter som rørhøg, hedehøg og mosehornugle er på udpegningsgrundlaget i de fleste af områderne. Rørhøg er den mest almindelige art, mens hedehøg og mosehornugle er mere sjældne. Flere arter som tinksmed og sortterne er forsvundet fra områderne, men målet er at sikre velegnede levesteder for arterne, så de kan indvandre til områderne igen.
Tranen er i fremgang i området og yngler nu fast i Draved Mose, og i Lindet skov yngler stor hornugle og hvepsevåge.
Vandløb
Vandløbene og ådalene rummer store naturværdier og landskabelige værdier. De store vandløb Brede Å og Vidåen er en del af Natura 2000 området Vadehavet. Åerne med vandplanter og smådyr er levested for de sjældne fiskearter, flod- og bæklampret og snæbel. Også odderen lever her og er generelt i fremgang på landsplan. Den meget sjældne fisk dyndsmerling lever i mudrede grøfter og er på udpegningsgrundlaget i Sølsted Mose og i Vidå-systemet. Vandløbenes vandkvalitet og fysiske forhold sikres gennem kommunens vandplan.
Skove
Draved Skov, Linnet Skov og Mandbjerg skov er store værdifulde skovområder med en række karakteristiske skovnaturtyper. Størstedelen af skovene er ejet af staten og indsatsen for skovnaturtyperne bliver sikret af Naturstyrelsens drift og plejeplaner.